Intoleranca i referohet aftësisë së një individi për të trajtuar lloje të ndryshme të ushqimit ose pijeve.

Intoleranca ndaj ushqimit nuk është një alergji e vërtetë, sepse nuk ka një përgjigje imune të përcaktuar qartë dhe simptomat që shpesh zhvillohen ndikojnë vetëm në traktin tretës. Një intolerancë normalisht gjendet në kontekstin e mungesës së enzimeve të caktuara që zbërthejnë përbërësit e ushqimit. Mungesa e këtyre enzimave rezulton kështu në nënprodukte anormale që prodhojnë simptomat e intolerancës.

Në të kundërt, një alergji e vërtetë tenton të ndikojë në sisteme të shumë organeve brenda trupit dhe ka tendencë të ketë një rezultat më të dobët.

Një alergji e vërtetë ushqimore do të thotë që individit i kërkohet të shmangë atë ushqim për gjithë jetën ose të rrezikojë pasojat.

Intoleranca ndaj ushqimit do të thotë që individi mund të hajë sasi të vogla të ushqimit pa pasoja të dukshme ndërsa ngrënia e sasive më të mëdha mund të çojë në ngërçe të stomakut, të përziera ose diarre.

Një shembull i mirë i ndryshimit midis një alergjie dhe intolerancës ushqimore mund të bëhet duke krahasuar sëmundjen celiake, një alergji, me intolerancën e laktozës.

Sëmundja celiake është një sëmundje serioze ku sistemi imunitar i trupit sulmon indet e veta kur hani gluten.

Pacientët me sëmundje celiake kanë alergji ndaj glutenit, përbërësi kryesor që gjendet në grurë, thekër, elb dhe shpesh ndot produktet e tërshërës. Në sëmundjen celiake, gëlltitja e glutenit rezulton në një përgjigje specifike imune kundër glutenit, duke çuar në inflamacion dhe shkatërrim të mureve të zorrës së hollë. Kjo çon në keqthithjen e vitaminave dhe mineraleve të rëndësishme, të cilat nëse nuk trajtohen mund të jenë kërcënuese për jetën.

Intoleranca ndaj laktozës është për shkak të mungesës së enzimës (laktazës) që ndan laktozën, një lloj sheqeri që zakonisht gjendet në produktet e qumështit. Mungesa e kësaj enzime rezulton në nivele anormale të laktozës në zorrë, gjë që çon në ndjenjën e fryrjes, diarresë, ngërçeve dhe të përzierave. Ndërsa është e pakëndshme, gëlltitja e vazhdueshme e laktozës nuk është e rrezikshme për jetën.